黴菌性陰道炎首次沒有得到徹底治療或遇到女性全身以及陰部免疫力下降時容易復發，復發指1年之內有症狀，並且經過真菌試驗證實，1年發作4次或以上，稱為複發性黴菌性陰道炎，此時一定要到正規醫院，進行規範化治療。

治療原則是積極尋找、去除誘因並預防復發。比如部分需要長期服用抗生素、使用雌激素的患者或糖尿病患者，此類患者較易得複發性黴菌性陰道炎。治療方案分為強化治療和鞏固治療，兩種治療方案一定要根據真菌培養和藥物敏感試驗進行藥物選擇。強化治療即在單純性黴菌性陰道炎的治療基礎上，延長1-2個療程，達到真菌學治癒後，再給予鞏固治療半年。目前鞏固治療在國內外並沒有成熟的方案，但複發性黴菌性陰道炎強調，一定要做真菌培養和藥敏試驗，通過試驗有選擇性的選擇藥物，治療期間要定期複查，並且注意用藥的副作用。