黴菌性陰道炎的原因主要是陰道菌群失調，也可見於性接觸傳播，或者接觸被汙染衣物、用具、消毒不合格的衛生巾、衛生紙和護墊等。黴菌有很多種，人體最主要的是感染白色念珠菌，在唸珠菌陰道感染中，80%-90%是白色念珠菌引起，其餘則是其它念珠菌株引起，如酵母菌屬。黴菌性陰道炎即念珠菌陰道炎或陰道念珠菌病。白色念珠菌有芽生孢子或有菌絲，一旦出現菌絲，患者外陰瘙癢症狀非常明顯。

黴菌性陰道炎之所以會反覆發作，是因為很多患者陰道中長期存在唸珠菌，但並未發病。而一旦出現外陰或陰道潮溼、悶熱，或出現接觸性的外界感染，造成陰道菌群平衡失調，可能會導致念珠菌性陰道炎，特別是在月經前後，發病幾率則會增加。再有是口服藥物，如特別常見的口服避孕藥，可增加念珠菌性陰道炎的發病率。還有全身疾病，最常見的是糖尿病，血糖升高是念珠菌性陰道炎發病的特別重要的誘因。而念珠菌性陰道炎主要是陰道環境變化和紊亂導致，治療後需積極恢復陰道菌群平衡以預防復發。