黴菌性陰道炎一經診斷就應該應用藥物治療，主要藥物包括制黴菌素和克黴唑類。對於偶發的黴菌性陰道炎，通常進行局部治療，就是陰道內放克黴唑或者制黴菌素等。如果是反覆發作的黴菌性陰道炎，可給予口服藥物，比如氟康唑等進行治療。

黴菌性陰道炎的藥物治療很有效，不經常發生耐藥。但由於黴菌性陰道炎不一定是外來傳染，也可能是內在菌群失調所致，所以在用藥物治療同時，還要注意其它可能引起黴菌性陰道炎的因素，從而進行有針對性的排除。

常見的引起黴菌性陰道炎因素包括長期應用抗生素造成陰道二重感染，長期應用激素，比如口服避孕藥，還有一些其它因素，比如糖尿病、喜食甜食，陰道內有較多糖原，真菌也容易發作。

總之，在用藥同時，還要注意去除引起黴菌性陰道炎的誘因，這樣才能避免黴菌性陰道炎變成反覆發作性陰道炎。