腸道功能紊亂是較籠統的概念，腸道功能紊亂首先考慮的腸易激惹綜合徵和功能性消化不良，一般腸道功能紊亂，多數見於功能性疾病。腸易激惹綜合徵，主要是由於內臟敏感性動力異常或菌群失調，同時伴隨精神狀態抑鬱、焦慮、失眠，導致腹部不適、腹痛、腹瀉，甚至大便習慣和性狀改變。經過生化或影像學檢測後，沒有器質性疾病，可明確為腸易激惹綜合徵。
消化不良也是常見的致病因素，飲食不當導致產氣過多，或腸道菌群失調消化酶分泌不足，導致腸道功能紊亂。功能紊亂一般表現是腹痛、大便習慣或性狀改變，經過便常規、血象、生化檢測，沒有明確器質性疾病。一般基礎治療主要是調節腸道菌群，用益生菌調節腸道菌群和對症治療，包括用消化酶、胃腸道黏膜保護藥物，症狀一般都會緩解。