卵巢巧克力囊腫的產生，與卵巢激素的分泌有關，主要發生於育齡期女性。如果通過手術將巧克力囊腫剝除，正常卵巢組織得以保留，卵巢分泌的激素仍可能引起巧克力囊腫復發。因此卵巢巧克力囊腫經過手術並非治療的終結，患者需進行後續的治療措施以避免復發。

如果手術後不進行後續治療，巧克力囊腫的每年複發率約為10%，5年後大概50%患者可以出現復發。建議女性進行巧克力囊腫手術後，需按照醫囑使用藥物進行補充治療，以鞏固手術效果，防止巧克力囊腫復發，以免增加身體負擔。