以往如果患者行卵巢巧克力囊腫手術，住院時間多在1周以上，而現在通常僅需住院3-5天即可。但根據每個患者體質不同，住院的時間長度亦有細微差別，但總體住院時間均明顯縮短。

巧克力囊腫行手術治療需要住院，目前通常採取微創手術，即腹腔鏡手術。手術方法為在患者的腹部皮膚打開數個孔洞，將操作器械經孔洞探入腹腔進行操作。根據快速康復外科理念，患者的住院時間較前縮短，術前檢查多可在1天完成，術後不留置尿管，鼓勵患者術後儘早翻身及下地活動，不僅有利於術後恢復，也有利於縮短患者的住院時間。