巧克力囊腫的確診需從症狀、體徵以及檢查等方面考慮。具體確診方法如下：

1、症狀：巧克力囊腫患者最初可能沒有症狀，但是典型症狀為腹痛、痛經、慢性盆腔痛以及性交痛等；

2、查體：對患者進行查體時，通常可以觸及一側或者雙側囊實性腫物，且活動較差；

3、檢查：首選輔助檢查巧克力囊腫的方法為B超檢查，即通過陰道B超可以判斷囊腫大小、內容物情況，以及囊腫周圍情況。此外CT和磁共振檢查，也是有價值的輔助檢查辦法。另外巧克力囊腫確診的金標準，為腹腔鏡檢查。