巧克力囊腫雖然可以被治癒，但是術後也存在復發的可能。巧克力囊腫的復發原因主要為手術時，通常僅剝除肉眼可見病灶，而肉眼不可見等潛在病灶無法去除。且巧克力囊腫發病原因不明，可能為幹細胞生髮而來，或者為在位內膜轉移而來。因沒有遏制住源頭，故巧克力囊腫術後可能出現復發。

所以巧克力囊腫術後，要求積極的藥物維持治療，進行長期管理。通常可以幫助延緩或者推遲巧克力囊腫，減輕疼痛等症狀。