巧克力囊腫腹腔鏡手術後傷口疼需具明確原因後對症處理，具體如下：

1、腹腔鏡腹壁穿刺口疼痛，這種疼痛往往由於手術中穿刺孔傷及患者的小血管出現皮下血腫，或者在穿過肌肉層的時候對肌肉有小的損傷，這兩種情況大多數會在短期內恢復，不會造成遠期影響，大家不必擔心；

2、術後出現持續腹痛，應當引起注意，要分析腹痛原因有可能是：手術效果不佳引起，這個時候要尋找是否有手術後出血，或者是因為巧克力囊腫的特殊性，手術中是否誤傷周圍臟器，比如輸尿管或腸管引起相關的異常反應；

3、巧克力囊腫患者術後因將其原有粘連分離，所以短期內患者反而會有一種隱痛感覺，在後期的藥物治療中這種感覺會逐漸減輕。

所以當患者出現術後術區疼痛的時候，要具體分析尋找原因，針對具體病因做出相應處理。