子宮腺肌症真正、較為明確的原因並不清楚。首先有一定的遺傳性，部分母親可能患子宮腺肌症、子宮腺肌瘤，女兒可能會遺傳，但不一定發生，只是一種可能性。

其次便是子宮損傷，如反復人流或其他宮腔操作。子宮內膜正常位置在宮腔內，因為反覆創傷，子宮內膜移位於子宮肌層內。移位後仍有活性，隨著月經週期變化而變化，增生出血。出血排出後，只能積聚在肌層內，不能從陰道內排出，造成子宮肌層破壞，形成小出血灶和小囊腔。子宮損傷後，可能會引起症狀，如痛經，部分患者痛經較嚴重，嚴重影響生活質量。還會引起出血量較多的情況，主要是因為子宮增大，月經量較多，以及部分患者懷孕困難，或懷孕後容易流產。