子宮腺肌症患者懷孕後可以進行人工流產手術，但與普通患者人工流產手術有少許區別。由於子宮腺肌症患者的子宮比較大，進行人工流產時如果胚胎比較小，會導致殘留的概率增加，但臨床會通過超聲或殘留以後再進行手術，或使用宮腔鏡的方式解決問題。總體而言，子宮腺肌症患者懷孕後也可以進行人工流產，但併發症概率較高，部分患者可能出現嚴重的疼痛。

另外正常人進行手術後子宮都會發生收縮，一般是在可忍受的範圍內，但部分子宮腺肌症患者疼痛比較嚴重，一旦發生嚴重疼痛需要鑑別有無子宮穿孔或其他因素。如果排除以上因素，可能考慮子宮腺肌症患者由於子宮收縮、子宮缺血，或有子宮腺肌症病灶的存在，引起強烈疼痛，患者可以口服或經肛門塞藥減少疼痛，通常經過對症處理以後疼痛會有所好轉。