膽囊腺肌症如果不進行手術，通常無法完全治癒。目前認為膽囊腺肌症為良性病變，但存在惡變的可能性，臨床上需要根據膽囊腺肌症的具體部位、類型、發展情況，決定是否需要手術治療。對於節段型及瀰漫型腺肌症，通常建議儘量選擇手術進行處理。通常對於位於底部的局灶型腺肌症可以考慮觀察，若病變明顯進展，則也應進行手術治療。

臨床上診斷明確的膽囊腺肌症患者，應根據患者具體情況，給予合適的治療建議，對於不需要治療的患者，建議定期觀察並密切隨診。平時生活中的保健品、食物調節及藥物，對於膽囊腺肌症並無明確的治療作用，因此通常建議規律飲食、均衡膳食並定期複查即可。不通過手術，通過偏方或其他方式，希望徹底治癒膽囊腺肌症並不現實。