生殖器皰疹病毒就是單純皰疹病毒二型，其治療分為初發性、複發性以及頻繁發作。

對於首次發作的患者，一般採用阿昔洛韋、伐昔洛韋或者泛昔洛韋口服治療，7-10天為一個療程。一般一個療程以後，患者的水皰會慢慢減少，疼痛慢慢消失。對於生殖器皰疹復發的患者，可以採用間歇性療法，選用的藥物和上一次相同即可，一般5天為一個療程，但是最好在出現前驅症狀或水皰之前就開始進行治療，尤其是在24小時之內開始治療，效果更好。

臨床上有很多患者會頻繁的發作，一年甚至發作6次以上，對於這樣的患者可以採用持續抑制療法，一般需要連續口服抗病毒藥物6-12個月。