生殖器皰疹由單純皰疹病毒（HSV）感染引起，該病毒可分為一型（HSV-I）和二型（HSV-II）。兩型皰疹病毒都可以引起生殖器皰疹，但是大多數生殖器皰疹由HSV-II引起。該病從感染到發病的潛伏期為2-20天（平均6天）。

　　臨床上將生殖器皰疹分為原發性和複發性兩種。原發性生殖器皰疹表現為外生殖器或肛門周圍有群簇或散在的小水皰，2-4天后破潰形成糜爛或潰瘍，患者常有發熱、頭痛、乏力等全身症狀，自覺皰疹局部癢或疼痛，伴有腹股溝淋巴結常腫大和壓痛，病程約2-3周。複發性生殖器皰疹是在原發皮損消退後，HSV潛伏在患者的神經節中，在某些因素（如外傷、感染、月經和受冷等）導致患者免疫力下降時，病毒沿受累神經根下行至受累部位的皮膚和粘膜，臨床表現為復發。複發性生殖器皰疹較原發性生殖器皰疹的皮損輕，病程也相應縮短，表現為起疹前局部有燒灼感，針刺感或感覺異常，外生殖器或肛門周圍群簇小水皰，很快破潰形成糜爛或淺潰瘍，自覺症狀較輕，病程7-10天，可自然痊癒，但有復發傾向。