甲溝炎因為反覆發作甲溝周圍出現炎性反應增生性息肉，通常自行修剪達不到治療效果，甚至會加重感染。甲溝炎反覆發作出現甲溝周圍炎性反應性息肉時通常需要手術治療，過去手術方式主要是拔甲，同時在局部麻醉下將周圍增生的反應增生性的息肉將其完整切除，必要時甚至需要破壞部分的甲床。

在後期需要避免修剪指甲過深，以免導致甲溝炎再次發作，而如果自行將反應增生性的息肉修剪，通常會帶來更為嚴重的感染，甚至使組織內的異物刺激增生導致息肉增大。對於嵌甲性甲溝炎建議甲溝重建。