檢查胎兒畸形主要就是應用經腹部超聲檢查，因為檢查胎兒畸形主要是在22-24孕周以及後面補充做胎兒畸形篩查32孕周，還有前面12-14孕周排查比較大的嚴重畸形。幾次超聲檢查都是經腹壁超聲檢查，所以，胎兒畸形超聲檢查都用到經腹壁超聲檢查。

有時會用到經陰道超聲檢查補充經腹部超聲檢查，比如12-14周超聲檢查時發現可疑畸形。但因為胎兒沒有大到腹部超聲探頭能夠非常清晰顯示的程度，此時會用經陰道超聲試一試，可能陰道超聲能夠發現細小結構畸形。在妊娠中晚期，當懷疑子宮頸有病變時，也會用到經陰道超聲檢查。因為經陰道超聲檢查，能夠更好的顯示子宮頸情況，排除有沒有胎盤臍帶擋住子宮頸內口的很危機情況。