如果檢查時發現黃體功能不全，這時可以補充孕激素。黃體功能不全，通常由於月經後半期伴有月經週期縮短、容易出現流產，尤其是生化妊娠或胎停育，通常與黃體功能不全有關。大部分黃體功能不全的患者，通過內分泌治療以後可以得到明顯改善。

如果黃體功能不全，服用短期孕激素效果不佳，可以長期服藥，例如黃體酮膠丸、地屈孕酮片等，相對屬於天然孕激素，甚至屬於保胎藥，對孩子沒有致畸作用，可以長期在月經後半期進行補充。最明確的檢查方法，是在月經後半期時檢查孕激素，或進行超聲檢查卵巢，可以明確卵巢的黃體萎縮狀況。如果出現黃體功能不全，需要補充黃體酮，補充孕激素後可以使卵巢功能逐漸恢復。