結直腸炎患者需要對因治療，因為引起結直腸炎的病因很多，比如炎症性腸病，即潰瘍性結腸炎、克羅氏病等。結直腸炎治療比較複雜，包括口服藥物或應用肛門栓劑，比如5-氨基水楊酸，以及激素、生物製劑等。

部分結直腸炎屬於一般炎症，即非特異性結直腸炎，原因較複雜，可能與感染有關，也可能與身體免疫功能、腸道菌群失調有關。如果是感染引起，需要使用抗生素，如果不是感染引起，可以用黏膜保護劑，比如中成藥，如腸胃康、固本益腸片等進行治療。