嬰兒先天性心臟病的發病原因目前尚不明確，但存在以下因素目前可能會導致先心病發生概率增加：

1、家族遺傳因素：如兄弟姐妹或父母患有先天性心臟病，部分基因遺傳缺陷可能會導致心臟大血管發育異常；

2、染色體疾病：部分胚胎在發育過程中染色體改變可導致先天性心臟病，此時往往合併其它問題如唐氏綜合徵，即常說的21-三體，還有18-三體綜合徵等；

3、病毒感染：妊娠時期特別是在妊娠早期，風疹病毒、流行性感冒病毒、流行性腮腺炎病毒和柯薩奇病毒感染等可能會導致先天性心臟病發生；

4、高危妊娠：如孕婦年齡超過35歲或合併糖尿病、苯丙酮尿症等；

5、接觸有害物質：妊娠期特別是在妊娠前3個月是胎兒發育的關鍵時期，此期間孕婦接觸射線、有機化學物質、服用抗腫瘤藥物、抗癲癇藥物等均可能導致胎兒出現心臟畸形；

6、其它原因：包括缺乏葉酸、胎兒宮內缺氧等。