直腸炎大多為潰瘍性直腸炎，治療包括內科治療和外科治療。內科治療目標是誘導並維持症狀緩解以及黏膜癒合，防治併發症，改善生存質量。常用藥物為氨基水楊酸製劑、糖皮質激素、免疫抑制劑、抗生素等。氨基水楊酸製劑包括5-氨基水楊酸灌腸、栓劑和柳氮磺吡啶，用於輕中度潰瘍性直腸炎的誘導緩解及維持治療。糖皮質激素對急性發作存在良好療效，適用於對氨基水楊酸製劑療效不佳的輕中度患者。中重度活動期患者可用氫化可的松琥珀酸鈉或地塞米松加生理鹽水進行保留灌腸，還可以使用布地奈德灌腸劑。

免疫抑制劑適用於5-氨基水楊酸維持治療效果不佳，症狀反覆發作以及激素依賴者的維持治療，由於起效慢，不作為急性期誘導治療。還可以使用生物製劑例如英夫利昔單抗，抗生素治療對一般病例並無指徵，但對重度繼發感染者應積極抗菌治療，應用廣譜抗生素靜脈給藥，同時應用甲硝唑，治療厭氧菌感染較為有效。外科治療手術指徵包括中毒性巨結腸、大出血以及癌變。