先天性心臟病畸形形成原因主要是在胚胎髮育時期，由於心臟以及大血管形成障礙，或者發育異常導致的解剖結構異常，以及患者在出生後應自動關閉的通道未能閉合而出現的先天性畸形。一般認為妊娠早期，尤其妊娠的4-8周是心臟發育的最重要時期。先天性心臟病遺傳因素只佔8%，92%的先天性心臟病是由外部因素引起的畸形造成。先天性心臟病畸形的形成原因具體如下：

1、孕期前3個月有病毒、細菌感染，以及孕期患有糖尿病、營養不良等疾病，這是最常見的導致心臟畸形的重要因素；

2、懷孕過程中，放射線以及藥物對妊娠早期是很重要的因素；

3、高齡產婦；

4、遺傳因素，先天性心臟病有一定的遺傳家族發病趨向，所以在詢問時要注意家族中有無類似情況的發生；

5、環境汙染也會造成患者先天發育異常，導致先天性心臟病發生。