先天性心臟病手術後患者應該可以長期存活，對於簡單的先天性心臟病，比如房間隔缺損、室間隔缺損，或者動脈導管未閉，如果早期進行手術做畸形矯正、房間隔修補、室間隔修補、動脈導管修補，就可以完全恢復心臟的正常結構，通常遠期生存和正常人無差別。

如果患者患有先天性心臟病，特別是室間隔缺損或動脈導管未閉，但沒有及時進行手術治療，就易造成肺動脈高壓、艾森曼格綜合徵，可影響到遠期生活。複雜的先天性畸形，如果術能夠健康正常的生活10年，通常就可長期存活。如果由於畸形矯正不滿意、不徹底，或在手術前已經對患者的心肺造成不良影響，就會影響長期存活，而具體能活多久，需要根據患者心臟的損害程度，以及肺部損害程度來判斷。