肛門直腸炎臨床較為常見，患者通常會有較強烈的肛門墜脹感及肛門周圍存在異常分泌物，往往可感覺肛門潮溼、瘙癢，部分患者可出現腹瀉。

不同患者感受存在差異，肛門直腸炎症狀往往與炎症刺激肛門周圍神經末梢有關，一般肛門直腸炎可有腥臭分泌物，但並非為化膿性分泌物。此外，肛門墜脹感時輕時重，通常在夜晚表現強烈，是與肛周膿腫不同的地方。肛門膿腫往往是持續性肛門疼痛，並且有發熱、紅腫、疼等表現，可以進行鑑別。具體鑑別建議做下腹部CT和腸鏡，甚至進行穿刺明確診斷。