以前認為先天性心臟病最主要病因是外因，是由於懷孕期間發生感冒、病毒感染以及環境汙染因素、射線等引起。現在研究發現在外因的基礎上，有些病人有內在因素，即現在研究發現先心病與基因突變有較大關係，是一種遺傳性先心病。尤其是在室間隔缺損、主動脈瓣病變時，只要有基因異常出現，患者常會出現對應的先天性心臟病。

但是有些因素可以預防，即懷孕早期要注意休息，遠離汙染環境、遠離射線，尤其是要遠離各種病毒感染，可以使先心病發病率顯著降低。對於患有遺傳性先心病的患者，可能需要做基因篩查，才能明確發病風險。