臨床上心胸外科可分為心血管外科與普胸外科。目前綜合型醫院將二者獨立分開，胸外科可治療以下疾病：

1、胸部外傷、胸壁及胸膜疾病：如漏斗胸、胸壁腫瘤、胸膜間皮瘤等；

2、肺部良性疾病：如肺氣腫、肺結核、支氣管擴張症等；

3、肺癌、食管癌；

4、食管功能性疾病：如賁門失弛緩症、胃食管反流性疾病；

5、縱隔疾病：如胸腺瘤、重症肌無力、手汗症、縱隔腫瘤、氣管腫瘤、肺移植等；

而心血管外科則可治療以下疾病：

1、先天性心臟病：如室間隔缺損、房間隔缺損、動脈導管未閉、法洛四聯症、完全性大動脈轉位、主動脈縮窄等；

2、獲得性瓣膜性疾病：如二尖瓣病變、主動脈瓣病變、感染性心內膜炎等；

3、冠心病外科治療及其它心臟疾病：如縮窄性心包炎、心肌病、心臟腫瘤、心臟外傷等；

4、主動脈疾病外科治療：如主動脈夾層、胸腹主動脈瘤、主動脈弓部瘤、主動脈假性動脈瘤等；

5、終末期心臟病的心臟移植等。