子宮內膜異位症手術可大可小，根據病情不同，採用不同治療方案。子宮內膜異位在卵巢，形成卵巢巧克力囊腫，這是小手術，也是常規手術。治療子宮卵巢巧克力囊腫這種經典手術，即在腹腔鏡下進行卵巢巧克力囊腫切除手術，可以保留卵巢，不是大手術。

但有時會有其它問題，如子宮內膜異位到子宮肌肉間，這種情況下問題比較嚴重。如果有漸行性痛經或大量出血，根據病情患者需切除子宮，甚至切除一側卵巢。如果異位到腸管，患者會出現週期性便血，要做腸管方面手術，可能進行大手術，所以子宮內膜異位症手術大小要根據情況決定。