子宮內膜異位症屬於臨床診斷，患者會表現為痛經、盆腔痛、性生活痛，甚至不孕。醫生根據上述臨床表現，結合查體、輔助檢查，如B超檢查，可以診斷子宮內膜異位症。

如果卵巢存在巧克力囊腫，則進一步證實子宮內膜異位症的診斷。而對於卵巢囊腫，即巧克力囊腫，建議進一步進行手術探查；如果並沒有卵巢囊腫，建議先通過應用藥物進行保守治療。