目前檢查以結腸鏡為主，因為有時僅看一段腸道不能說明整體結直腸狀況，所以目前大多數是做結腸鏡，一次把結腸和直腸看完。
但是，部分病人只有直腸問題，可以做直腸鏡檢查，直腸鏡對直腸炎可以診斷。如果是第一次檢查，最好做結腸鏡檢查全面評估，防止對潰瘍性結腸炎等病變的診斷不全。
直腸炎最主要是直腸刺激症狀，比如下墜感或者直腸黏液增多、血便。如果光做直腸鏡，看到範圍比較有限，有時容易漏診其它部位病變。