子宮內膜異位症的手術治療後如果復發，一般不主張再次進行手術治療。因為手術的本身可能會導致卵巢儲備功能的進一步下降，同時降低術後再次生育的可能性，而且手術本身並不能夠根治子宮內膜異位症，並非是一勞永逸的方式。所以對於仍然希望懷孕的女性而言，如果卵巢巧克力囊腫在血清標記物的檢查不過高，或者B超下提示惡性的可能性不高時，可考慮在輔助生殖的過程中進行陰道B超的引導下囊腫穿刺術，並且將其送去病理化驗，明確是否有惡性的可能。通常而言子宮內膜異位症，由於手術的本身只能清除肉眼所見的細小病灶，而對於肉眼不能所見的極細小病灶是無法完全徹底的清除，故而當手術後此部分病灶再度生長出來的時候，則會進行不停的復發。對於這樣的患者而言，手術的本身已經無法解決這樣的問題。因此，對於只要不是惡變可能、體積不大的病灶，且沒有明顯症狀表現的情況下，一般主張藥物和觀察為主。但是對於有生育要求的女性，一定積極到生殖專科醫院就診。