直腸炎可以和多個疾病相互鑑別，一般與克羅恩病相鑑別。克羅恩病也屬於炎症性的腸病，一般發生在胃腸道的任何部位，但好發於末端迴腸和右半結腸，臨床表現以腹痛、腹瀉，還可能出現腸梗阻，可以伴發有發熱、營養障礙等腸外表現，病情多遷延，反覆發作，不容易根治。還要和急性感染性腸炎鑑別，感染性腸炎發病都比較急，大多伴有發熱、惡寒、噁心、嘔吐、腹痛等症狀，也可以表現膿血便，糞便常規或病原學檢查可檢測出病原體，抗菌藥物治療非常有效。另外要和直腸癌相鑑別，直腸癌大多都發生在直腸中下段，直腸指診一般可以觸及腫塊，臨床表現大便便次增多、排便習慣改變、大便變細，通過結腸鏡檢查，有鑑別診斷價值，內鏡活檢，標本病理檢查可明確診斷。