法洛四聯症是先天性心臟病中最常見的紫紺型先天心臟病，大部分孩子手術效果非常好，術後都不會有非常明顯的併發症。但畢竟是比較複雜的心臟病手術，最常見併發症有：室間隔缺損的殘餘分流；三度房室傳導阻滯，需要安裝永久性起搏器；主動脈瓣損傷造成主動脈瓣反流，需要再次手術；右室流通道疏通後有殘留壓差，孩子在未來可能面臨第二次手術。
嚴重複雜法洛四聯症，需要涉及到主動脈瓣跨環補片，沒有很好的主動脈瓣、肺動脈瓣，會造成嚴重反流。出現在孩子術後2-4年期間，如果出現嚴重的肺動脈瓣反流引起右心衰，需要面臨第二次手術。現代科學技術發展，有些孩子可以考慮在肺動脈瓣位置植入人工瓣膜，避免再做一次手術的風險。法洛四聯症手術治療整體效果較好，根據孩子具體的病情，手術策略選擇，未來面臨的併發症不同，因此要嚴格隨訪。