目前法洛氏四聯症的後遺症不算很多，主要相關的併發症包括肺動脈瓣反流或者右室流出道殘餘梗阻。由於法洛氏四聯症的孩子沒有正常的肺動脈瓣，右室流出道疏通或者是瓣環加寬以後，瓣膜的作用可能更小，所以手術後往往出現肺動脈瓣反流，反流會加重右心的負擔，對術後的恢復和遠期右心功能有影響。所以手術後要監測反流的情況，評估是否需要相應的藥物或者手術治療。大多數孩子少量的反流不需要處理，如果反流症狀比較重且右心功能衰竭，可需要換瓣，但要換瓣在兒童中可能比較少見。法洛氏四聯症患兒可能到成人出現相應的症狀，所以肺動脈瓣反流需要定期隨訪。該患兒經過手術之後，需要右室流出道異常肌束的疏通和肺動脈瓣環，肺動脈瓣的加寬，有部分孩子可能會出現局部的疤痕攣縮，或者局部殘留的肌束的梗阻，可能造成右室流出道有一定的壓力差。一般輕微的殘餘梗阻不需要處理，但是部分的孩子需要做相應的治療。