細菌感染是致病菌或條件致病菌侵入血循環中生長繁殖，產生毒素和其他代謝產物所引起的急性全身性感染。肛腸科常見的細菌感染性疾病有肛周膿腫、肛瘻等。這些疾病會引起局部的紅、腫、熱、痛等症狀，一般採取保守治療方式，如果病情嚴重，可採取手術切開引流治療。