肛門周圍的尖銳溼疣可以局部外用0.5%的足葉草毒素酊，50%的三氯醋酸溶液或者5%的氟尿嘧啶乳膏外用，也可以給予維A酸乳膏配合咪喹莫特乳膏外用。

上述藥物均具有刺激性，使用的時候一定要注意保護周圍正常的黏膜，同時一定要少量的外用，否則會引起大片的潰瘍或者表皮剝脫。出現皮疹後還需要注意一定要避免接觸水，避免搔抓，以免導致感染的加重，而對於皮疹較為小的最好還是先選擇進行液氮冷凍治療二氧化碳激光治療或者電離子燒灼治療。

因為肛門周圍皮膚較為溼潤，使用外用藥物後容易粘連，同時還可以配合使用免疫調節劑，比如干擾素、轉移因子、胸腺肽等。