兒童癲癇屬於慢性病，各種原因可導致兒童癲癇發作。目前國際抗癲癇聯盟將兒童癲癇的病因學分為六類，具體如下：

1、遺傳性，由於兒童基因發生點突變或發生微缺失、微重複以及由於染色體異常導致癲癇發作；

2、顱內結構發生變化，可為先天性發育異常，如局灶性皮質發育不良、腦穿通畸形、灰質異位症、無腦回畸形或巨腦回畸形等，兒童既往存在顱內感染或顱內出血，以及腦外傷後導致腦軟化灶結構異常；

3、代謝原因，由於內環境出現變化，代謝紊亂導致癲癇發作，代謝因素可以是基因突變導致；

4、免疫性癲癇，癲癇發作與免疫性腦炎存在密切關係；

5、感染後併發癲癇，在癲癇前存在顱內感染，顱內感染得到有效治療後出現癲癇併發症；

6、目前醫學上無明確原因的癲癇。