一般扁平疣是由人乳頭瘤病毒引起，人乳頭瘤病毒有100多種亞型。而扁平疣一般是由3型的乳頭瘤病毒感染而起，以面部或者手背比較多見。長在臉上的扁平疣，看起來如米粒或者粟粒大小，是一種褐色或者是皮膚顏色的小疙瘩，呈稍微隆起，表面比較光滑，可以以單個出現，或者呈現為密密麻麻，甚至融合成一大片。

部分患者可伴有瘙癢，在不自覺的情況下，又會產生新的扁平疣。故有時在臉上看到的扁平疣，可表現為串珠狀，即可認為是扁平疣處於急性發作期。任何微小的刺激，都可以誘發扁平疣的加重。