男性生殖器部位出現皮膚的毛囊炎，治療原則大致與身體其他部位皮膚出現毛囊炎的治療原則是相同的。

首先考慮局部外用抗感染治療，比如可以使用百多邦、匹得邦、美多信外用抗感染治療，或者使用碘伏溶液、聚維酮碘溶液外用消毒治療，這些對於治療毛囊炎的效果都比較好。如果單純使用外用藥治療效果不佳，可以考慮同時口服抗生素治療，比如可以選擇頭孢類的抗生素，或者選擇美滿黴素口服治療。

當毛囊炎已經擴散，形成膿腫的時候，如果膿腫的範圍比較大，就需要膿腫的切開排膿，並且需要定期換藥，對膿腫進行處理。