生殖器的毛囊炎治療主要是抗細菌治療，感染的微生物為細菌，細菌治療可以口服抗生素以及外用抗炎的藥物。

口服的抗生素建議選用四環素類或者紅黴素類的抗生素，四環素類抗生素可以選用米諾環素或者多西環素，紅黴素類的抗生素可以選用羅紅黴素或者克拉黴素。

外用藥物可以應用紅黴素眼膏、莫匹羅星乳膏或者夫西地酸乳膏，選用1-2種。如果選用1種，建議每日早晚各抹一次。如果選用2種，建議交替外用，一種早上抹一次，另外一種晚上抹一次，交替錯開，不要混合應用。

毛囊炎反覆出現，需要完善血糖的檢查，排除糖尿病，糖尿病人容易反覆的出現毛囊炎。