毛囊炎疙瘩的治療分為以下兩種：

1、痤瘡丙酸桿菌感染引起的，可以口服鹽酸米諾環素膠囊、多西環素片，以及可以口服異維A痠軟膠囊、維胺酯膠囊，外用維胺酯維E乳膏、阿達帕林凝膠、過氧化苯甲酰凝膠、克林黴素磷酸酯凝膠、夫西地酸乳膏、複方多粘菌素B軟膏。

2、由於糠秕孢子菌感染引起的毛囊炎，需要化驗真菌，如果真菌是陽性的即可確診，可以外用鹽酸特比萘芬噴霧劑、克黴唑軟膏、萘替芬酮康唑乳膏或者其他的抗真菌藥，並且需要忌食辛辣刺激性飲食。