治療複雜性熱驚厥應先控制體溫，再根據具體病因進行治療，具體措施如下：

一、控制體溫：不能等到體溫＞38.5°C才吃退燒藥，在出現發熱症狀時及時給予退熱治療，可以口服布洛芬類或對乙酰氨基酚類退燒藥。如果口服藥物困難或伴有頻繁嘔吐，不能夠口服藥時可以選擇布洛芬栓或對乙酰氨基酚栓；

二、對因治療：尋找導致孩子發熱的原因，可以查血常規、C反應蛋白。1、如果是細菌感染，需要及時給予抗生素進行治療。2、如果是病毒感染，需要給予抗病毒藥物治療，在短期內迅速將炎症控制住，使體溫恢復正常。3、如果抽搐次數較頻繁或在一段時間內頻繁出現熱驚厥發作，這時需要在短期內應用兒童常用的抗癲癇藥物治療，如丙戊酸鈉，屬於廣譜的抗癲癇藥物。

複雜性熱驚厥易形成癲癇，所以要積極控制發作的頻率，同時在症狀恢復後定期複查腦電圖來進行監測。