如果診斷為高熱驚厥，已除外其它中樞神經系統感染引起的驚厥，包括病毒性腦炎、化膿性腦膜炎或結核性腦膜炎，只是單純熱性驚厥或高熱驚厥時，一般不會造成嚴重後遺症，或造成嚴重後遺症的比例非常小，該病預後較好。

當患者出現驚厥時，機體會有不同程度的短暫缺氧表現，而缺氧會對神經系統，尤其是神經細胞造成一定損害，但損害相對較少，所以預後較好。但需注意避免頻繁發生熱性驚厥，因發作次數越多，對機體的損害越大。在考慮熱性驚厥的情況下，需積極控制感染、退燒，不能使機體溫度太高，要儘量避免發生熱性驚厥的發生。