避孕藥有副作用，但副作用很輕微。短效口服避孕藥既可以調整月經又能很好的避孕，是很好的避孕方法。但緊急避孕藥的激素劑量較大，對人體的內分泌軸有一定干預作用，偶爾服用一次沒有太大危害，可能引起月經在2-3個月內不正常，經過醫生的調理後可以好轉。但如果每年吃緊急避孕藥超過3次，人體的內分泌軸會受到干擾，所以不建議長期或經常使用避孕藥進行避孕。

選擇藥物避孕要到醫院，在內分泌醫生的指導下使用對人體副作用較小的避孕藥，既可以調整月經又很好避孕，還可以預防月經不調等方面的疾病。