兒童腦幹型腦炎是非常嚴重的疾病，疾病病死率高達30%左右，預後較差。即使經過積極救治，一部分患兒也會留有不同程度的後遺症，如智力發育落後、吞嚥功能障礙、偏癱等。近幾年導致兒童腦幹腦炎，最熟悉的疾病是EV71病毒感染導致的重症手足口病，腦幹受累導致的死亡率高。因為腦幹是人體重要的生命中樞、重要的生命器官，關係到呼吸循環的重要中樞都在腦幹部位，所以一旦受累，可能危及生命。

患者可以表現出意識障礙、昏迷、抽搐、呼吸節律不規則等。經過積極治療後，後期也可能有不同程度的後遺症，如肢體癱瘓、面部肌肉麻痺、眼球內向外斜視，甚至吞嚥困難、不能講話、昏迷等。在重症監護病房，有些患者因為吞嚥功能、咳嗽功能不能得到恢復，可能需要長期使用呼吸機，對呼吸機存在依賴，所以腦幹型腦炎的預後相對較差。