宮頸上皮內腫瘤主要是由於人乳頭瘤病毒，即HPV病毒導致。在沒發現HPV病毒是主要致病因素之前，教科書上描述誘因主要為多生育、早生育、早發生性關係、宮頸炎症、慢性炎症，而這些都是易感因素，並不是病因。真正的病因是人乳頭瘤病毒，即HPV病毒通過性生活方式進行傳播，宮頸上皮細胞感染HPV病毒以後，病毒基因會整合到宮頸上皮的細胞核內，然後出現異常增生。此病毒會不停地生長、無限制生長，形成宮頸腫瘤。

HPV病毒分為多種亞型，並不是任何一種都會導致宮頸癌，HPV病毒分為宮頸低危組、高危組。低危組病毒多導致宮頸陰道性病，比如尖銳溼疣。如果是高危組病毒，則會導致宮頸癌。