單純的驚厥不會留下後遺症，90%的熱性驚厥5分鐘內可自行停止，對患兒腦部及各臟器造成損傷的可能性較小。原發病較嚴重者可能會出現後遺症，若原發病僅為感冒、腹瀉時出現後遺症的可能性較小。腦炎患兒中樞神經系統感染，有出現後遺症的可能，可能出現癲癇或智力、運動異常，或語言的落後及喪失。