龜頭扁平苔蘚不是很容易達到根治，但是有一部分患者經過有效的治療以及調整，可以起到根治的治療目的。

在臨床治療方面，外用藥局部可以塗抹吡美莫司軟膏、0.03%他克莫司軟膏。但是此類藥物有一定的皮膚刺激性，可以在塗抹時先少量塗抹試用，以免大面積塗抹造成龜頭出現紅腫、灼痛等不良反應。在應用時還可以配合維生素E軟膏、氧化鋅硼痠軟膏，起到一定減緩刺激作用的治療目的。

在口服藥物方面，可以選擇雷公藤多甙片、環孢素A軟膠囊進行免疫調節的治療，加速皮疹的好轉，以達到根治的目的和效果。