兒童消化道出血止血同時需要明確病因，對因治療。如果患者消化道出血量大，造成貧血、血紅蛋白下降、血壓下降時，會危及生命。需要監測並維持患者正常生命體徵，出血量較大需要禁食補液治療。在生命體徵穩定的前提下，判斷出血原因。通過病史詢問，體格檢查以及初步實驗室檢查判斷出血原因。常見實驗室檢查為血常規，明確血紅蛋白是否下降、凝血功能方面是否異常。如果小兒出現腹痛，可以做超聲檢查是否有腸套疊。

不同病因的治療方法不同，如通過病史詢問，判斷為上消化道出血。常見原因包括賁門黏膜撕裂綜合徵、消化性潰瘍疾病，患者需要通過胃鏡檢查。如果為下消化道出血，判斷出血部位來自於結腸，最簡單直接的方法為做腸鏡。而小兒常見下消化道出血的原因為結腸息肉，以及便秘引起的肛裂、痔瘡。如果為便秘引起，便秘治療後，肛裂、痔瘡可好轉。如果為息肉導致，經過息肉摘除後，患者症狀即可好轉。