狹顱症手術併發症發生比例較高，但是後遺症不多。常見的手術併發症有術後感染、術後貧血，最大的後遺症是術後頭型恢復未達到預期。此外，狹顱症還可能會累及眼眶、面部發育，部分狹顱症容易引起面部骨質或牙列異常，甚至出現反(牙合)的情況，如地包天，以及突眼、智力偏差等情況。

但是手術只會對患兒提供幫助，而不會造成比疾病更加嚴重的後果。狹顱症手術的基本原則是通過打開各個狹窄、限制患兒發育的顱縫，使大腦得到更好的發育。如果患兒合併有眼眶或面部畸形，需要通過多次手術進行治療，也會增加手術本身的風險。