狹顱症手術較常見的後遺症為顱骨缺損和顱骨變形，狹顱症手術涉及到大範圍的顱骨調整，甚至涉及到轉移顱骨情況，造成顱腔擴大。顱腔擴大後，顱骨表面會存在部分顱骨缺損。

低齡兒童，尤其1歲以內患兒的顱骨缺損，經過長時間會重新長出顱骨，這在成人、大齡兒童裡不可見，只有低齡兒童才有這種能力。患者顱骨截骨以後，少數情況下不能達到完美匹配，會出現臺階，只要在手術過程中將顱骨修飾好，可以最大限度避免顱骨臺階的形成，避免頭皮下摸到成角、成稜等情況。

顱骨缺損、顱骨變形是為對常見的後遺症，在所有病例中佔3%-5%。患者可以出現頭皮感染。顱腔擴大以後，患者頭皮會不夠用，傷口縫合的位置較緊，在此區域由於大腦快速生長，會重新牽拉皮膚，引起皮下積膿、感染。

此外，術後患者還會出現二次變形，這種情況與手術設計有較大關聯。由於手術設計不合理，沒有留出更多的餘地，手術早期患者會有較好效果。經過一段時間，比如3個月或者6個月之後會出現再次變形，需要醫生儘量避免。