子宮腺肌症比較典型的症狀包括痛經改變，很多子宮腺肌症的患者會合並繼發性痛經。隨著病程延長，病灶逐漸增大以及病情發展，痛經症狀越來越明顯。部分病人在來月經前，或者月經乾淨後會存在腹痛症狀。

因為子宮腺肌症異位在子宮內膜腺體，在月經期會釋放很多炎性介質，在盆腔引起刺激症狀，包括炎性滲出，盆腔內環境改變。所以子宮腺肌症的患者或多或少會合並不同程度的腹痛，通常是患者因腹痛症狀就診而意外發現子宮腺肌症。所以子宮腺肌症與腹痛的關係非常密切，臨床婦產醫生對腹痛患者要做好子宮腺肌症的篩查。